台北市府为打造“城市博物馆聚落园区”，斥资1.5亿新台币整修“圆山坑道馆”，但由于柯文哲走马上任后，质疑博物馆聚落园区未来管理困难、维护不易，因此整个计划终止，该馆一荒废就是两年，坑道成了废墟。